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有机荧光染料被广泛应用于生物荧光成像，因为生物体的一些组分比如说黑色素、血红蛋白对可见光有较高的吸收和散射，会导致可见光的组织穿透性较差，因此常规的荧光染料如FITC或罗丹明B在生物成像中效果不是很好。与之相比血液和组织对700-1000nm的近红外光吸收···

目前在生命科学研究领域受欢迎的花菁染料并不是CY系列的染料，而是由卡内基梅隆大学的Alan Waggoner和他的同事们在1990年代早期发现的Indocyanine Green，ICG，吲哚菁绿CAS:3599-32-4花菁染料，ICG染料比CY系列的花菁染料毒性更低，**性更好及更**的光稳定···